新冠疫情席捲全球，雖然台灣目前都以境外移入為主，4天下來已經新增了13例的確診，其中有不少是去歐洲遊學返台染疫，陳時中強烈呼籲「非必要不要出國，歐美疫情在9越後開始升溫，以美國、印度、法國、義大利及英國為最多，之前專家就有預告過秋冬恐會有第2波來襲，現在正是爆發的時候。」。

根據《奇摩新聞》報導，前陣子傳出臺灣東洋取得德國BioNTech（ＢＮＴ）新冠疫苗的在台銷售授權書，但是昨（3號）卻宣佈台灣東洋沒有新冠疫苗了，主要是與兩方談判破局，而更讓人擔心的是，秋冬除了新冠捲土重來，還有其他流感疫情也先後報到，目前全球有165之新冠疫苗正在研發中，但真正有可能成功的只有3支，台灣雖然也有行研發，但仍需要與協力廠商國家合作，才能夠有效遏止傳染率。

至於東洋與德國BioNTech破局原因為何，台灣東洋表示「是ＢＮＴ與衛福部對疫苗數量與價格談不攏，無法如期代理疫苗進口」，但是指揮中心卻說「東洋無法提供正式授權書及合約草案，談判無以為繼。」，兩方各說各話讓無法拿到疫苗的真正原因成為羅生門。

據前疾管局長蘇益仁分析，國內明年3月前有疫苗可打的機會「微乎其微」，國產疫苗預估要等到6月才會上市，如今東洋談判破局，讓明年第一季買到新冠肺炎疫苗可能性更小，對台灣來說選擇愈來愈少，且其實即使簽了COVAX，但還是不確定能否爭取到疫苗，如果各國都陸續拿到疫苗，邊境解封，但台灣還在等疫苗維持高規格防疫，經濟恐怕會進入到更低靡狀況。